Karesuando första kyrka byggdes åren 1813-1816. Den var en enkel träbyggnad på låg stenfot. Kyrkbyn hade endast fem gårdar och hela församlingens invånartal var 625. Kyrkan hade en klocka gjuten 1658, enligt uppgift anskaffad från Kengis bruk nära Pajala. Inredningen i Kyrkan var mycket enkel, någon uppvärmningsanordning fanns inte.

I denna kyrka predikade åren 1826-1849 kyrkoherde Lars Levi Laestadius. I denna kyrka började också i december 1845 den väckelse, som fått namn efter Laestadius.

Den fattiga församlingen kunde inte underhålla sin kyrka, varför den fick förfalla så pass mycket att den inte gick renovera.  År 1905 revs den gamla kyrkan och samma år invigdes den nuvarande kyrkan. Arkitekt var G. Lindgren. Den är byggd av timmer på hög stenfot. Två nya kyrkklockor anskaffades och inredningen blev i allt väsentligt ny. Då fick man bl.a. även en kamin för uppvärmning av kyrkan.

Kyrkan restaurerades år 1953-54, då den fick sitt nuvarande utseende. Utsidan är oförändrad. Grunden har förstärkts, nya fönster har öppnats, en ny sakristia byggts och ovanför den har ett rum för barn- och ungdomsverksamhet inretts. ny orgel installerades också samtidigt. Kyrkan utrustades med elvärme och eldriven klockringning.

 År 1961 invigdes en altarskulptur föreställande Laestadius, Maria (en sameflicka från Åsele) och Juhani Raattamaa vid foten av Jesu kors. Skulpturen är en gåva av dess tillverkare, professor Bror Hjort.